Projekt ustawy wprowadza istotne zmiany w systemie ochrony roślin przed agrofagami, koncentrując się na usprawnieniu kontroli granicznych. Nowelizacja precyzuje kompetencje w zakresie wyznaczania i nadzoru nad punktami kontroli granicznej oraz wprowadza mechanizmy tworzenia innych punktów kontroli dla przesyłek z państw trzecich. Kluczową zmianą jest również możliwość przeprowadzania kontroli fitosanitarnej drewnianych materiałów opakowaniowych w miejscach innych niż granica, w przypadku gdy kontrola bezpośrednio na granicy jest niemożliwa lub utrudniona. Dodatkowo, projekt ustawy zaostrza regulacje dotyczące sprzedaży wyjątkowo niebezpiecznych środków ochrony roślin przeznaczonych do fumigacji, wymagając dokumentowania transakcji fakturą i prowadzenia ewidencji nabywców w celu ograniczenia ryzyka zatruć i ochrony środowiska.